De katholieke parochie- en dekenaatskerk werd tussen 1721-1729 in renaissancestijl gebouwd naar een ontwerp van de architect Mefferdatis uit Aken.Het onderste gedeelte van de zuidelijke toren is een overblijfsel van een gotische kerk uit de 12e eeuw; het is een van de oudste gebouwen in Eupen. De binneninrichting is in de barokke stijl uit Aken en Luik. De driebeukige hallenkerk is indrukwekkend door haar weidsheid en de waardevolle inrichting.
Hoogaltaar
Het barokke hoogaltaar werd geschonken door de Eupense burgers, hoofdzakelijk de lakenhandelaars en ontstond in de jaren 1740 tot 1744 naar een ontwerp van de architect uit Aken, Johann Joseph Couven.
Het hoogaltaar toont een buitengewoon goed uitgewerkte iconografie: in hout gesneden halfreliëfs van de twaalf apostelen op zes zuilen; in het midden beelden van Sint Niklaas en Sint Lambertus; daarboven de Drievuldigheid: Christus met het kruis, God de Vader, aan hun voeten de wereldbol en als kronende afsluiting de Heilige Geest in de vorm van een duif in een stralenkrans.
Communiebank en offeraltaar
De communiebank is uit het jaar 1740 en is sinds de verbouwing in 1980 ter hoogte van het middenpad in tweeën gedeeld en scheidt de kerkruimte af van de altaarruimte. De bank behoort tot de waardevolste stukken van de kerk en bestaat uit kaders in zwarte marmer, bezet met 12 geelkoperen bas-reliëfs en opgevuld met 48 kleine geelkoperen pijlers.
Zes van de zogenoemde balusters werden bij de hernieuwing gebruikt voor de sokkel van het nieuwe offeraltaar. Ze dragen een zwart donker marmeren blad van ongeveer 750 kg.
Zijaltaren
De twee zijaltaren zijn eveneens barok en stemmen in stijl en uitvoering overeen met het hoogaltaar. De standbeelden zijn uit de 19de eeuw; rechts zien we de Maria-Boodschap en links de Heilige Maria met haar moeder, de Heilige Anna.
Preekstoel
De preekstoel die rond 1730 gebouwd werd is een van de oudste kunstwerken van de kerk. Hij is versierd met afbeeldingen van Christus de Verlosser, Maria Moeder van God en de Heilige Jozef.
De achterwand is voorzien met een vlakreliëf van de Sint Niklaas en leidt naar het zogenoemde klankbord dat bekroond is met een figuur van de zegenende Vader Gods op de wereldbol. Op de onderkant van het klankbord hangt de duif van de Heilige Geest in een stralenkrans. De leuning van de preekstoeltrap bekoort door het opengewerkt houtsnijwerk.
Kerkbanken
In de periode tussen 1730 en 1850 werden er in het totaal 84 kerkbanken in dezelfde stijl uit eiken hout gefabriceerd. De opdracht tot het maken en de financiering ervan gebeurde gedeeltelijk door de stadsoverheid en gedeeltelijk door invloedrijke burgers. Indien nodig konden ze bestendig gehuurd worden. Pachters en schenkers lieten dan hun naam in het hout uitsnijden; zo krijgen we vandaag nog een beeld van de toenmalige notabelen van de stad.
Zuilen
Het kolossale koepelvormige kruisgewelf wordt gedragen door veertien zuilen.
Biechtstoel
In het jaar 1771 werden de prachtige biechtstoelen die versierd zijn met rococo-houtsnijwerk gebouwd. Ze werden uitgevoerd door meester-schrijnwerkers uit Eupen. Bij de twee voorste ziet men bovenaan de wapens van de schenkers.
Orgel
Het eerste grote orgel werd tussen 1760 en 1763 gebouwd. In de daaropvolgende jaren werd het orgel telkens opnieuw opgeknapt, gerestaureerd en verder technisch uitgebouwd, voor het laatst in het jaar 1966. Het huidige orgel van de Sint-Niklaaskerk heeft zo goed als niets meer gemeen met het oorspronkelijke orgel.