Zu Beginn wurde die Hausandacht in einem einfachen Zimmer mit kleinem Altar gehalten. Um den Patienten eine Messe anbieten zu können wurden ab 1876 Spendengelder gesammelt und mit dem Bau der Kapelle in einem Teil des Seitenflügels begonnen. 1880 wurde die erste Kapelle eingeweiht und 1907 ein größerer Ziegelsteinbau in neoromanischem Stil vollendet. 1925 erhielten die Ordensfrauen ein eigenes Schwesternhaus und abermals eine erweiterte, neue Krankenhauskapelle.
Auch nachdem die letzten Franziskanerinnen Ende 1989 das St.-Nikolaus-Hospital verlassen haben, bleibt die Hauskapelle nicht nur für die Kranken, sondern auch für viele Eupener Bürger ein Ort für ein kurzes Gebet im Alltag.
Innenausstattung
Das große Kreuz im Chorraum stammt aus der Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg. Den Korpus schnitzte ein Künstler in Oberammergau.
Der Kreuzweg stammt ebenfalls von einem bayrischen Künstler und wurde 1965 geweiht.
Die beiden Statuen (Maria und Josef) wurden vom Vater einer Ordensschwester geschnitzt und sind ein Geschenk an das Krankenhaus.
1883 wurde der Altarstein der Hauskapelle mit einer Reliquie der Heiligen Gertrude geweiht. Diese wurde 1908 in den neo-romanischen Altar eingefügt. Um welche Namenspatronin es sich genau handelt, steht nicht eindeutig fest.
Fenster
Bei der Bombardierung im Dezember 1944 wurden die Chorwand und vier Fenster zerstört. Erst kurz vor Weihnachten 1956 konnten die provisorischen Scheiben ersetzt werden. Die Finanzierung erfolgte durch eine Stiftung der Ärzte des Krankenhauses, des Personals, von Nachbarn und einigen Freunden. Durch weitere Spenden wurden auch die restlichen Glasarbeiten im Jahre 1957 erneuert.
Die Entwürfe stammen vom französischen Künstler Guy Chabrol aus Chartres. Die berühmten mittelalterlichen Kirchenfenster aus dieser Stadt standen dabei mit ihren glühenden Farben Pate. Bei den Arbeiten in Eupen handelt es sich um expressionistische Kirchenfenster mit figurativen Darstellungen. Sie zeigen die Heilige Familie, die Symbole der vier Evangelisten, eine Franziskanerin mit einem Kranken sowie den Heiligen Franz von Assisi mit Vögeln und Blumen.
